中心课题组利用磁珠富集法构建了芍药的微卫星富集文库，从253个阳性克隆中挑选出193个进行测序，共得到82个微卫星位点，并设计引物50对，得到15对具有多态性（30%）引物。利用开发出的15对多态性引物进行89份芍药种质的遗传多样性进行了研究，共得到145个等位位点，其中多态性等位位点140个（96.6%），平均每对引物扩增出9.3个位点。遗传多样性指数最大为2.194，最小为1.082。89份材料的遗传相似系数变异范围为0.35~0.98，基于UPGMA法构建了89份材料的聚类图和主成分分析图，基本将芍药野生种与品种区分开。同时，聚类图相较主成分分析更能体现出材料之间的遗传关系。